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動植物多組學組合形式

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發布時間：2025-07-25 08:49:03 更新時間：2025-08-28 10:27:07

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作者：中科光析科學技術研究所檢測中心

動植物多組學組合形式

動植物多組學組合形式

動植物多組學組合形式

基因組+重測序+轉錄組
獲取物種參考基因組，并利用重測序獲得性狀相關基因，與轉錄組進行關聯，相互驗證結果，縮小候選基因范圍，并研究性狀調控機制。
基因組+轉錄組+代謝組
整合基因組變異、基因表達和代謝物數據，構建代謝物-基因-遺傳位點的互作關系網絡，研究育種過程中代謝物變化的遺傳基礎。
基因組+轉錄組+表觀遺傳
基因組變異結果與ATAC-seq、Hi-C、甲基化等多組學數據進行集成，進一步從不同層面探索造成性狀差異的生物學機制。

多組學取樣建議

DNA 重測序樣本	取樣標準	樣本間不能有明顯的亞群分化，主要為自然群體，群體來源廣泛、遺傳多樣性豐富
	數量	建議樣本量≥ 200 個
	測序深度	全基因組測序，測序深度建議不低于 10×/ 樣
代謝組樣本	取樣標準	每個物種選 3-5 株不同的樣本，植物取不同植株上的果實或葉片等組織，動物取不同組織部位樣本（或特定器官），混樣作為一個生物學重復（取樣時間、部位、環境盡量保持一致）
甲基化樣本	取樣標準	由于表觀遺傳學具有顯著的組織特異性，不同組織細胞間甲基化狀態可能會有巨大差異，最好針對研究部位進行取樣
轉錄組樣本	取樣標準	與其組學的材料來源相同
注意：各組學樣本分裝保存并寄送

信息分析內容

基因組 de novo 分析	代謝組數據分析	甲基化數據分析	轉錄組數據分析
基因組 de novo 組裝	代謝物定性定量	與參考基因組比對	可變剪切分析
基因組注釋	代謝物數據質控	甲基化位點檢測	基因表達水平分析
比較基因組分析	代謝物通路及分類注釋	甲基化分布分析	差異基因分析
共線性 /WGD 分析	代謝物通路及分類注釋	差異甲基化分析	差異基因分析
基因組+重測序+代謝組+轉錄組/甲基化聯合分析

分析類型	分析內容	解決問題
染色體重排鑒定	基因組共線性比對并分析各組共線性片段	結合代謝組數據或者甲基化數據，適應性形成機制，調控遺傳機制，提高優勢育種效率和準確性。
祖先染色體核型構建	祖先核型分析，基因組核型信息與基因組重排統計
代謝組樣本	取樣標準
多倍體亞基因組差異表達	共線性基因對 Ka/Ks 計算，與轉錄組數據比對后計算亞基因組間表達差異	多倍體物種各亞基因組之間的表達差異，解析轉錄動態和基因組相互作用
基因家族鑒定基因結構與蛋白結構分析，進化樹構建，染色體定位等		為研究物種多組學功能、分子遺傳、代謝調控提供數據支持
個性化分析
多組學數據庫	可視化展示物種基因組、轉錄組、表觀組、代謝組等組學數據，整合分析結果	為研究物種多組學功能、分子遺傳、代謝調控提供數據支持

重測序群體分析	代謝組數據分析	甲基化數據分析	轉錄組數據分析
與參考基因組比對	代謝物定性定量	與參考基因組比對	可變剪切分析
標記檢測及注釋	代謝物數據質控	甲基化位點檢測	基因表達水平分析
群體遺傳多態性分析	代謝物通路及分類注釋	甲基化分布分析	差異基因分析
LD 分析	代謝物通路及分類注釋	差異甲基化分析	差異基因分析
重測序 + 代謝組 / 甲基化聯合分析

分析類型	分析內容	解決問題
表型處理	生物學重復表型 / 異常表型處理	檢驗表型是否符合正態分布的規律
性狀關聯分析	基因型與表型性狀（代謝物 / 甲基化）關聯分析，曼哈頓圖、QQ 圖	鑒定出與代謝物 / 甲基化變異密切相關且具有特定功能的基因位點或標記位點
候選基因功能注釋	顯著 SNP 位點所在物理位置上下游一定區域內的相關基因進行功能注釋
候選區域單倍型圖譜構建	對顯著關聯 SNP 位點所處的單倍型進行單體型內基因注釋，找到功能相關基因位點
重測序 + 轉錄組聯合分析

eQTL 分析	cis-e QTL、trans-e QTL 分析	DNA 調控區變異位點對基因表達的影響
GWAS-eQTL 分析	與 GWAS 結果關聯的 eQTL 結果	將 eQTL 數據與 GWAS 數據量化整合，實現從 SNP 到基因表達再到復雜性狀的精準定位
TWAS 分析	基因 - 表型關系，基因表達與表型之間的關聯分析	找出表達量與復雜性狀關聯的基因，即鑒定出顯著的性狀 - 基因表達關聯
個性化分析

SV/CNV 分析	SV/CNV 檢測及注釋	開發 SV/CNV 標記
選擇消除分析	Tajima′ D 測驗、Fst 分析、θπ 分析、Fst & Pi 分析	挖掘與馴化性狀相關的基因
與選擇消除聯合分析	mGWAS 分析結果與選擇消除結果聯合分析	縮小變異相關候選區間

CMA證書

CMA認證

檢驗檢測機構資質認定證書

證書編號：241520345370

有效期至：2030年4月15日

CNAS證書

CNAS認可

實驗室認可證書

證書編號：CNAS L22006

有效期至：2030年12月1日

ISO證書

ISO認證

質量管理體系認證證書

證書編號：ISO9001-2024001

有效期至：2027年12月31日

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植物標本軟化（普通根莖）

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